Der am Ende der Flensburger Förde gelegene Hafen Flensburg wird von der Flensburger Hafen GmbH betrieben und dient vorwiegend dem Umschlag von Massengütern wie Kohle, Splitt, Dünger, Schrott, Holz und Getreideprodukten sowie dem Umschlag von Zellulose und Bigpacks, die als Stückgut umgeschlagen werden.

Das Hauptgeschäftsfeld des Hafens stellt der Umschlag von Massengütern dar. An den Kaianlagen Harniskai und Kraftwerkkai wurden im Jahr 2012 insgesamt 466.500 Tonnen umgeschlagen.

Am Harniskai wurden in 2012 insgesamt 228.739 Tonnen an Gütern umgeschlagen. Eine positive Entwicklung ist insbesondere beim Umschlag von Futtermitteln zu nennen. Zwischen 2005 und 2012 ist das Umschlagaufkommen von Futtermitteln von 72.637 Tonnen in 2005 um etwa 65 Prozent auf 120.209 Tonnen in 2012 angestiegen.

Der Kraftwerkkai dient überwiegend dem Umschlag von Kohle für das dort ansässige Kraftwerk der Flensburger Stadtwerke. 2012 wurden insgesamt 237.762 Tonnen an Gütern umgeschlagen.

Der Hafen Flensburg ist bimodal über die Verkehrsträger Straße und Schiene an das Hinterland des Hafens angebunden. Auf der Straße ist der Hafen Flensburg über die B 199 an die acht Kilometer entfernte Autobahn A 7 sowie die dänische E 45 angebunden. Darüber hinaus ist der Hafen über die Hafenbahn mit der Bahnstrecke Hamburg – Neumünster – Flensburg verbunden.